Η συνολική διάρκεια του προγράμματος των μαθημάτων είναι 18 μήνες, συγκεκριμένα δύο εκπαιδευτικά έτη.

Τα μαθήματα που διδάσκονται στα ΣΔΕ είναι τα εξής:

• Ελληνικός - Γλωσσικός Γραμματισμός (3 ώρες την εβδομάδα)
• Αριθμητικός Γραμματισμός (3 ώρες την εβδομάδα)
• Αγγλικός Γραμματισμός (3 ώρες την εβδομάδα)
• Πληροφορικός Γραμματισμός (3 ώρες την εβδομάδα)
• Κοινωνικός Γραμματισμός (3 ώρες την εβδομάδα)
• Περιβαλλοντικός Γραμματισμός (2 ώρες την εβδομάδα)
• Επιστημονικός Γραμματισμός(2 ώρες την εβδομάδα)
• Πολιτισμική - Αισθητική Αγωγή (1 ώρα την εβδομάδα)
• Συμβουλευτική Σταδιοδρομία (1 ώρα την εβδομάδα)
• Συμβουλευτική Ψυχολογία (1 ώρα την εβδομάδα)
• Εργαστήρια  Διαθεματικά, Projects (3 ώρες την εβδομάδα)

Το εβδομαδιαίο πρόγραμμα είναι 25 διδακτικές ώρες οι οποίες πραγματοποιούνται απογευματινές ώρες, από Δευτέρα έως Παρασκευή (4.30μμ - 8.30μμ). Επίσης παρέχονται ενισχυτικά μαθήματα σε όποια μαθήματα κρίνεται ότι οι εκπαιδευόμενοι έχουν ανάγκη.

Οι Συμβουλευτικές υπηρεσίες, που περιλαμβάνουν ένα Σύμβουλο Σταδιοδρομίας και έναν Σύμβουλο Ψυχολόγο σε κάθε σχολείο, αποτελούν μία από τις καινοτομίες των Σχολείων Δεύτερης Ευκαιρίας.